英文抗生素药物医学知识图谱IASO1.0版发布 线上试用正式启动

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英文抗生素药物医学知识图谱IASO1.0版发布 线上试用正式启动

近日，由北京大学互联网信息工程研发中心（CIRE）开发的中文医学知识图谱英文抗生素药物医学知识图谱IASO1.0发布，面向公众正式开放试用。IASO是利用自然语言处理与文本挖掘技术，基于大规模医学文本数据，以人机结合的方式研发的英文药物医学知识图谱。
IASO知识图谱基于DO，IDO，NCBI，HPO和DrugBank等数据库，以及在线百科，权威医学文献等高质量医学数据资源构建而成的。 涵盖507种传染病及其治疗方法，332个不同的感染部位，936种系统相关症状，371种并发症，838,407种细菌，341种抗生素及其介绍，1,504对抗生素和细菌之间的反应速率（抗菌谱），431对药物相互作用关系，以及86对抗生素特异性群体的禁忌关系。
基于药物医学知识图谱IASO，课题组还进行了药物开发中的关键一环——药物相似性计算的相关探索，包括研究抗生素与其副作用之间的关系和探讨NDF-RT药物基本药理学特性的作用机制等。为验证基于IASO的药物相似性计算的准确性，我们邀请至少3名医生对1326对最常用的抗生素进行了标注，其范围为[0,1]。每位医生所给评分与平均评分之间的Pearson系数范围为0.827至0.864， Spearman系数范围为0.792至0.888，均证明了医生评估的可靠性。
课题组未来还将不断添加更多的医学实体及其层次化类别信息，继续迭代更新完善知识图谱，欢迎大家多提宝贵意见！在未来的工作中，我们将致力于建立大规模、高质量的中文/英文医学知识图谱，为智能医学奠定专业知识基础。
欢迎大家试用并提出宝贵意见！IASO仅供学术研究使用，不做商业用途。

研发者团队
北京大学互联网信息工程研发中心（CIRE）：雷凯副教授、沈颖助理研究员、研究生袁凯琪、温德斯、戴竞超。

雷凯副教授：
1998年毕业于北京大学计算机系，获学士学位；1999年毕业于美国哥伦比亚大学计算机系，获硕士学位；2015年毕业于北京大学计算机系统结构专业，获博士学位。现为北京大学深圳研究生院信息工程学院副研究员，硕士生导师，北京大学信息工程学院院长助理，深圳市云计算关键技术与应用(SPCCTA)常务副主任，北京大学互联网信息工程中心常务副主任，北京大学深圳研究生院工会副主席（2014年9月至今）、计算机学会CCF YOCSEF（深圳）主席（2017-2018）、深圳市高层次人才。主持过国家自然科学基金1项、国家发改委项目1项，省部产学研项目3项。参与973、863计划、科技支撑计划、国家自然科学基金等项目10多项。独立及主要协助培养计算理学硕士毕业生68人（10届， 2006-2016），发表论文80余篇，专利申请13项(授权4项)，软件著作权15项。编著教材一部《信息中心网络与命名数据网络》，北京大学出版社（2015年8月出版），获得深圳第三节教学科研成果著作奖。
沈颖助理研究员
沈颖，女，现任北京大学（深圳研究生院）助理研究员，博士（后）。深圳市海外高层次人才（孔雀C），深圳南山区领航人才。2011年7月获欧盟Erasmus Muduns自然语言处理（英国/法国）双硕士学位。2015年7月获法国巴黎第十大学生物/医学信息学博士。2015年7月开始于法国诺曼底大学-北京大学从事联合博士后科研工作。2015年访德国期间任德国科隆大学医学院访问学者。2017年9月出站后，于北京大学深圳研究生院任助理研究员。拥有智能医学领域内跨学科的计算机知识和医学知识，主要研究方向包括医学信息学，自然语言处理，数据挖掘，机器学习，人工智能等。近年来，在SCI期刊和会议AAAI, SIGIR, COLING, WWW, CIKM, ICDM, BIBM发表学术论文40余篇；受理发明专利6项；参与完成多项欧盟科教项目和省市科技项目。目前承担国家自然科学基金青年项目一项、深圳市基础研究自由探索项目一项、企业合作项目一项；参与并主要完成深圳市基础研究学科布局项目一项。关注科研成果的转化，医疗市场和病人的需求。